「水に潜（もぐ）る」には違和感のない私ですが、
「隧道を潜（くぐ）る」はどうも不自然だと思う私です。
皆さんはそう思いません？

なぜ「くぐる」と読む「潜」の字には“さんずい”があるのでしょう？
そこが違和感の原因だと思います。
それに、フリガナが無いと、潜（もぐ）ると潜（くぐ）るで区別が付かない気持ち悪さもあります。

おそらく分かりやすい表現の“正解”は、「くぐる」は平仮名で書くと言うことなのでしょうが、なぜ「くぐる」にさんずいの「潜」の字があてられたのかが気になります。まさか河道トンネルのようなものが大昔からあったわけではないでしょうし、本来は別の字があてられていたりしたのでしょうか？

漢和辞典の引用ですが。
『大字典』（講談社）によると、「潜」の字源は「水に没し渉ること。ゆえにサンズイ扁。転じてモグル・ヒソム等の義。」とあります。
まず、水中を通って歩いてわたるってことがあって、そこから、なにかの中や下を通ることになり、さらに水中に入っていくこと、水中に隠れていることまで意味が広がったというわけでしょうか。
その流れでいくと、隧道を潜るは字源に近く、水没隧道を通ることはまさしく字源そのものといえるかも（笑）。

ちょっと調べてみました。

「潛」は、「形声」で意味＋音を表している字だそうです。
水が意符　つくり側がサン・センでこれが音符であり
「おかし進む」という意味らしい。
「水をおかし進む」＝「もぐって渡る」転じて「ひそむ」「ひそか」
となってますね。
「潜」は、もと「俗字」

なぜ、「くぐる」と読むのか、小職も疑問。
意味上では「局る」という方が隧道には良きパートナーのような
気がしますが、今は、くぐるとは読まないのかな・・・。

きっと穴を掘ったら水が出るからだよ。私に言わせれば、これまで随道と水は昔からセットなんだよとヨッキが教えてくれたようなもんです！
私は違和感はありませんよ。

しげさんが当りのような気がするｗ

あらためて考えると、最近は使っていそうで使わない語句ですね。
トンネルを「通過する」とか、隧道に「入る」とかは普段つかいますがトンネルを「くぐる」とは使わないですね。子供の会話を聞いていても、門を「くぐる」、股の下を「くぐる」とか聞かないですね。そのうち死語なってしまうような気がします。

「もぐる」と「くぐる」は“てにをは”の使い方が違いますね。一般的には
○○に・潜（もぐ）る
○○を・潜（くぐ）る
でしょう。逆の用法は少ないと思います。

なので一応、フリガナなしでも読み分けられますよ。

「くぐる」にも水に「もぐる」という意味があります。
そのため「くぐる」にも「もぐる」にも同じ「潜」の字を充てたのでしょうか。

「くぐる」は本来体を縮めて通るという言葉ですが、体を縮めるという言葉で「くぐむ(屈む)」というものがあります。恐らく「くぐ」は体を屈する表現なのでしょうが、これからすれば「くぐる」も「屈る」で良いと思うのですが。