ケースバイケースでしょう。
今回のような車利用では道の駅が駐車スペースの関係で便利だし、鉄道利用でも雨露を凌げて横になれる場所があり・トイレ・自販機がある場所で、なおかつ適度な人気・明かりがあって野犬や猿などから逃れられる場所がベスト。
有人駅では夜間締め出し・無人駅では吹き晒しのベンチだけってケースもかなりあって、"駅ネ"って案外ハードルが高いですよ。
話が少々ずれますが、夜行列車の相次ぐ廃止や不況によるホームレスの増加、無人駅舎の取り壊しなどで、90年代前半頃までと同じ感覚の貧乏鉄道旅行は現代においては困難と言っていいのではないかと思います。
今やるなら、都市部では健康センター・ネットカフェ、格安ホテル(事前予約でビジネスホテルでも素泊まり三千円くらいからあります)等を利用。
地方〜過疎部では道の駅・鉄道駅でのテント泊が無難なように思います。これでも職質くらいは受けますけど、鉄道旅行・自転車旅行での経験上その場を追い出された事は今のところないですね。身なりと装備で明確に旅行者とわかるスタイルを取っておけばまず大丈夫。
もちろん、迷惑がかからないように夜間到着・早朝(始発)出発でゴミなどの痕跡を一切残さない事、地元の人への挨拶は欠かさない事が前提です。
また、今回の探索地点からは少し離れていますが、国道151号の道の駅信濃路下條には24時間開放の畳敷き休憩室があって仮眠に便利ですよ。この地方を経由するバイクツーリングでは重宝しています。