関越自動車道の六日町トンネルは、長岡寄りは普通ですが湯沢寄りは六日町のイニシャル「M」にちなんで上下線合わせて「M」の断面になってます。画像検索で見られます。

国道158号の奈川渡トンネルは奈川渡ダム側の入り口が斜めにカットされてるんですが対象外ですか？

…良く読めば『断面』でしたね…やっちまった。

このトンネルの南側抗口のすぐ上には道路が走ってるのでボックスカルバートにするしかなかったんでしょうね。
根岸線は新杉田を過ぎるとトンネルばかりですが、このように両側で形が違うトンネルがいくつかあります。